朱温为防备朱瑾增援，事先派部将霍存率骑兵三千进驻曹州（治今山东曹县）。朱瑾领兵二万来救徐州，霍存立即发起进攻，并与朱温子朱友裕在徐州附近的石佛山下合击，大败朱瑾军，朱瑾逃回兖州。徐州军再次出战，霍存恃胜不备，战败而死。朱友裕包围彭城，时溥多次出兵挑战，朱友裕则关闭营垒拒不应战。而朱瑾夜逃时，朱友裕也未追击。都虞侯朱友恭认为朱友裕必有他图，便写信告诉了朱温。朱温为防不测，即令都指挥使庞师古代朱友裕统领部队，让朱友裕暂且主持许州（治今河南许昌）事宜。庞师古主动出击，攻占了石佛山营寨。自此，徐州军不敢出城交战。四月，朱温军围攻徐州已数月，未能攻取。朱温的通事官张涛认为进军时机没把握好，所以劳师动众难以奏效。谋士敬翔则认为，攻城虽已数月，耗费人财物力也很多，但时溥困守徐州更是疲乏不堪，攻取徐州指日可待。朱温采纳了敬翔的意见，亲自赶到徐州，督促庞师古攻克彭城。时溥与家人登上燕子楼自焚而死。自此，徐州纳入朱温的势力范围。
朱温攻灭时溥不过是许许多多混战中的一件。黄巢没有能只手摧毁唐朝，但唐朝也在他失败后崩溃，中国开始陷入历史上又一次剧烈的社会大动荡中。所谓“千间仓兮万条箱，黄巢过后犹残半。自从洛下屯师表，日夜巡兵入村坞”，说的就是这种混战的局面。
而黄巢一度向往和留恋的长安城则再次成为纷争和杀戮的主要战场。等一切都安定下来的时候，长安的建筑已经荡然无存，只有残垣断壁还保留有昔日雄伟的影子。这个曾经包容万千的城市，已经被肢解得支离破碎，不知道秩序和道德为何物了。以致宋朝开国皇帝赵匡胤在选择京师的时候，西望长安，也不得不深深叹息：这个盛名超过了历史上任何其他政治中心的城市，在历经了千万杀戮后，再也没有成为京都的可能。
长安上下沉浮的经历就是悲怆的历史。然而，长安不是中国历史的起点，也不是终点。所谓“满城尽带黄金甲”的盛况，到明朝末年再一次重新出现。公元1644年正月初一，另一位大名鼎鼎的农民起义领袖李自成在西安（长安）称王，国号大顺，改元永昌。李自成自己也改名为李自“晟”（光明和兴盛的意思），并且以明朝分封在西安的秦王府为新顺王府，发动大量民夫重新修整长安城，将城墙加高加厚，壕堑加深加宽，比原来更加壮丽。此时，距离黄巢的“黄金甲”已经近八百年。尽管相隔了八百年，二人的成功与失败却有着惊人的相同之处。这就是后话了。
朝不保夕的唐昭宗（1）
公元880年，唐僖宗广明元年十二月初五清晨，在黄巢农民军的威势下，僖宗仓皇经金光门逃离长安，身边只有少数随从，其中就十三岁的弟弟寿王李杰。之后，僖宗颠沛流离、历经磨难，李杰都跟随在兄长身边，因而得到器重。由此也跟僖宗身边的亲信宦官有较多接触，也是他后来得以被立为帝的重要原因。
黄巢败亡后，黄金甲烟消云散，而唐帝国的气势也开始渐黯渐淡，瓦解的局势日益凸显。各个藩镇都在疯狂扩张，全中国变成一片血海。僖宗千辛万苦地回到长安后，宦官田令孜把持朝政，凶暴而且专横。河东节度使李克用与河中节度使王重荣联合起兵，要求罢黜田令孜，僖宗被田令孜控制，再一次逃离京师到凤翔。之后，邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符再一次联合起来反对田令孜，一场混战后，朱玫被杀，田令孜被驱逐。僖宗被折腾得不轻，惊魂不定，很快就病倒。
文德元年（888）三月初五，僖宗病危。因僖宗儿子的年龄太小，任观军容使的宦官杨复恭建议立寿王李杰为帝。因李杰和僖宗是同母所生，在众兄弟中关系最为密切，僖宗同意了，下诏立李杰为皇太弟，代理军国大事，并立即派宦官刘季述将李杰迎入宫中。这里，特别要提一句，宦官杨复恭和刘季述后来先后与李杰反目。
当时，支持李杰的只有掌握军权的宦官杨复恭。朝臣都想立吉王李保，因为吉王在诸王当中名声最好，年龄也比寿王要大。但自中唐之后，宦官掌握兵权，完全可以操纵皇帝的生杀废立。朝臣关于立嗣的意见根本得不到重视。
第二天，年仅二十七的僖宗病死在武德殿。僖宗在位十五年，实际上在京师长安的时间还不到八年，之间两次被迫逃离京师避难，“十五年来无一治，虚名天子老奔波”，可以说是狼狈之极的虚名天子。不过，对僖宗来说他还是幸运的，他是唐朝最后一位死在长安、葬在关中的皇帝，于当年十二月葬在靖陵。
李杰被立为皇太弟后，改名李敏。三日后即位为唐昭宗，又改名李晔。几次改名，代表着他身份和地位的变化。群臣见昭宗“体貌明粹，饶有英气，亦皆私庆得人”。
昭宗即位时二十一岁，和许多朝代的末代皇帝一样，他不是真正意义上的亡国之君。相反，他有振兴唐朝的志向，想挽救帝国于危难之中，即位之初，喜欢读书，注重儒术，整顿内政，很想有番作为。此时的昭宗胸怀大志，雄心勃勃，“以僖宗威令不振，朝廷日卑，有恢复前烈之志。尊礼大臣，梦想贤豪”，被人称为“有会昌之遗风”。
经过黄巢农民军起义后，本来在宪宗一朝有所缓解的藩镇割据势力重新滋长，以往在形式上听命于皇帝的节度使们，现在也公然无视朝廷的诏令。靠镇压黄巢农民军发家的各路新旧军阀乘机扩张实力，据地称雄，相互吞并。到昭宗即位时，北方出现了以宣武节度使朱温（因镇压农民起义有功被赐名“朱全忠”）、河东节度使李克用、风翔节度使李茂贞（原名宋文通，因镇压农民起义有功被赐名“李茂贞”）为首的三大强藩。
昭宗年轻气盛，聪明轻浮，具有皇室子弟逞能和任性的特质。他往往容易将事情想象得很假单，一即位就招募了十万大军，打算以强大的兵力来压制强藩。然而，此时唐朝积弱已久，宦官专权，藩镇跋扈，战乱不断，皇权衰微。尤其是各种势力盘根错节，宦官和权臣均勾结藩镇为外援，朝廷内部矛盾重重，往往牵一发而动全身，局势相当复杂。昭宗本人也是各种势力的猎物，势力集团都想通过控制他来号令天下。昭宗对此却浑然不觉，贸然对藩镇采取强硬姿态，企图挽回中央朝廷权力，结果反而引来更大的危机。
当时，宦官杨复恭自恃有拥立之功，不把昭宗放在眼里。他还仿照田令孜的办法，选勇士多人，都收为义子，号称“外宅郎君”。然后让这些义子分掌兵权。又养宦官六百人为义子，派到诸道当监军。宦官的势力比以前更为强大。昭宗憎恶杨复恭专权，想找机会除掉他。
大顺元年（890年），宣武节度使朱温为了个人利益，奏请唐朝廷下令讨伐河东节度使李克用。昭宗感觉这是个机会，想利用朱温的兵力来对付大宦官杨复恭，先除掉内忧，于是听从宰相张濬、孔纬的建议，下诏革去太原李克用的官爵，并命宰相张濬等领军，对河东用兵。各地藩镇对此都坐山观望，不积极出兵配合唐朝廷的军事行动。结果，朱温、张濬军均被以骁勇善战闻名的李克用打得大败，昭宗派往河东地区的官军几乎全军覆没。宦官杨复恭乘机反击，将支持昭宗的宰相张濬、孔纬罢免。
这时候，昭宗任命王瓖（昭宗亲舅）为黔南节度使。王瓖到达利州（今四川广元）时，杨复恭派人将王瓖乘坐的船弄沉，王瓖及随从全部淹死。昭宗知道是杨复恭主使后，便任杨复恭为凤翔监军，打算将他派到凤翔节度使李茂贞那里，隐有借刀杀人之意。杨复恭立即借口生病，请求致仕退休，暗中却图谋作乱。昭宗当机立断，亲自发兵攻打杨复恭私宅。宰相刘崇望鼓励士兵进攻，杨复恭兵败，率义子杨守信等人逃往兴元（今陕西汉中）。杨复恭失败后，西门君遂成为宦官的首领。昭宗此举，大概是他一生中惟一值得一提的事，虽然没有彻底改变宦官的拥兵地位，但也在一定程度上打击了宦官。
昭宗驱逐杨复恭后，杨复恭逃到养子兴元节度使杨守亮那里。凤翔节度使李茂贞一直想扩充地盘，正待机而动，便趁机想朝廷请求出兵讨伐杨复恭。但皇宫中的宦官们有兔死狐悲之感，拦住昭宗，不让他下诏。李茂贞没有得到朝廷的诏书，就自行出兵攻下兴元，俘杀了杨复恭父子，且将兴元收归己有。
李茂贞势力有了很大发展，他的辖区离长安很近，昭宗由此对他产生了警觉。昭宗下诏要李茂贞让出凤翔节度使，专任山南西道兼武定节度使。李茂贞不但不从，还上书辱骂昭宗，公然指责昭宗“只看强弱，不计是非”。
昭宗看完后勃然大怒，决定出兵讨伐李茂贞。宰相杜让能进谏说：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”他认为李茂贞就在京畿地区，万一又意外，后果难以预料，劝昭宗谨慎行事。但昭宗正怒火冲天，坚决不听，还大骂宰相杜让能说：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”
昭宗派出的禁军大多是刚刚招募的市井少年，不懂兵事，而李茂贞一方则是身经百战的边兵。三万禁军还没有进入凤翔就被打败。李茂贞乘胜进逼京师。昭宗无可奈何，只好跟臣子讲和，杀死西门君遂等三个宦官首领，又杀了筹划军事的宰相杜让能，李茂贞才肯退兵。